薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。
就在同一天，江户川柯南、毛利小五郎、小兰以及少年侦探团的各位一同观摩海上自卫队组织的对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰，与全国各地聚集来的孩子们一起，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰带来的巨大魄力所震撼。
谁知演习中突发意外，原本虚拟的作战瞬间变成真枪实弹的杀戮。不久，海面上漂浮着的失去左臂的自卫队队员遗体被发现。种种不安与猜测在小兰和少年侦探们的心中蔓延。另一方面，海上自卫队迅速冷静地稳定事态，但始终不能探明敌人的真实身份和他的目标。就在此时，宙斯盾舰上发现了遇害队员的左臂，其配戴的手表指针停止在5:30AM。接二连三的异常事件，迫使大阪府警乘坐直升机赶来，与京都当地的同侪协作展开调查。在此期间，神秘的女性自卫队员藤井七海也登上了宙斯盾舰。
柯南通过随身携带的追踪眼镜、新道具卫星电话手表等装备与灰原哀、阿笠博士取得联系，此外更得到服部平次和远山和叶的协助。最强侦探团全方位通力合作，终于发现了这一系列事件背后的始作俑者--现已秘密潜入军舰内的某国间谍"X"。在此期间，平次和小兰等人的生命相继受到威胁。
X到底有何目的？他的真实身份是什么？自卫队员的左臂以及藤井七海的背后又隐藏怎样的秘密？关系到全日本生死存亡的巨大阴谋，此刻正有条不紊地展开。柯南将于与看不见的敌方间谍进行谍报战，面临危浪绝海的紧急任务。此次柯南能否再次守护朋友，协助海上自卫队保护日本民众免受战争的灾祸？


演职员表
STAFF
原作：青山刚昌
导演、分镜：静野孔文
监修：山本泰一郎
剧本：樱井武晴
企划：诹访道彦
音乐：大野克夫
分镜协助：寺冈严、平野俊贵、西森章
演出：静野孔文、永冈智佳、古田丈司、伊藤真朱
人物设定 / 总作画监督：须藤昌朋
作品设计：本桥秀之
作画监督：清水义治、牟田清司、野武洋行、かわむらあきお、八崎健二、石川晋吾、大岛美和
作画监督补：桥本正则、岩井伸之
效果作画监督：寺冈严、堀内博之
美术：涉谷幸弘
色彩设计：加藤里惠
摄影监督：西山仁
3D CGI 制片人：后藤优一
编集：冈田辉满
录音监督：浦上靖夫、浦上庆子
故事编辑：饭冈顺一
制作人：诹访道彦、浅井认、石山桂一
副制作人：米仓功人
动画制作：TMS/V1 Studio
制作：《名侦探柯南》制作委员会（小学馆、读卖电视台、日本电视台、ShoPro、东宝、TMS Entertainment）
协助：日本防卫省、海上自卫队