《超凡蜘蛛侠》的故事发生在彼得·帕克念高中的时候，他在小的时候就被自己的亲生父亲和母亲遗弃了。从小到大，都是他的叔叔本和姑姑梅在抚养他。而帕克自己，也在孜孜不倦地寻找着和自己身世相关的线索。
　　终于，帕克发现了一个父亲的一个公文包，这个公文包里的线索似乎让他看到了当年他的父母遗弃自己的理由。按照公文包里的东西的提示，帕克找到了奥斯考博和科特·康纳斯博士的实验室。这个康纳斯博士是他父亲的前合作伙伴，他和帕克父母的失踪有着千丝万缕的联系。
　　可是，他却并不着急要告诉帕克关于他父母的事情，而是要帕克变成了蜘蛛侠，而他自己则变成了蜥蜴人--他要帕克自己来寻找真相。背负着使命的帕克在正义和信念的驱使下，利用自己获得的力量，变成了一个超级英雄。