《生化危机：来生》述说的故事是T病毒爆发后的四年。本来是有保护伞集团研制出来对抗神经性疾病与延迟衰老的病毒，但彭是却发现它的副作用是复活人类的死细胞并将他的宿主变成嗜杀成性的丧尸。这个病毒席卷全球，将地球变成了一个不断进化的僵尸捕猎剩下为数不多的幸存者的恐怖世界。


继上一集剧情，《生化危机：来生》以爱丽丝在东京为开场，有着超人类特异功能以及带领着她自己的克隆人军团，爱丽丝终于面对面的对抗了她命运中的宿敌，安不雷拉公司C.E.O. 威斯克。与威斯克的对决令她失去了所有的特殊能力与军团。爱丽丝开着双人座飞机飞去了阿拉斯加的荒芜之地，踏上了寻找世界上唯一一块儿没有被T病毒影响的世外桃源，阿卡迪亚。


但是阿卡迪亚也并不若想像中那么简单纯洁的地方。唯一一个生命迹象的来源来自于她的老战友克莱尔。但是因为种种原因，克莱尔陷入了失忆当中。克莱尔，爱丽丝为了寻找答案来到了一片狼籍的洛杉矶。她在那里找到了为数不多的幸存者。从那些幸存者那听说了阿卡迪亚也许没有想像中的那么远，当然，也没有想像中的那么和平。


随着克莱尔慢慢的回复了她的战斗力和记忆，爱丽丝带领着她的伙伴们前往一个前所未有的救援行动。并通过这次的行动发现了所有人都始料未及的惊天大阴谋。