很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。
一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。
赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。
经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。
在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库(STORAGE)”。在这支部队中有一位热血青年——夏川遥辉。
宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和遥辉相遇了，自此两位热血青年的战斗故事开始了......